Lobsang Chökyi Gyaltsen (in tibetano: Blo-bzang Chos-kyi Rgyal-mtshan) nacque nel 1570 e divenne uno dei principali maestri del  Quinto Dalai Lama, Lozang Gyatso, ricordato nella storia come «Il grande quinto», il quale, per dimostrare la propria venerazione nei confronti del suo guru, lo investì del titolo di  Panchen Lama (l'abbreviazione di Pandita chen po, che letteralmente significa «Grande Erudito»), lo considerò come una emanazione terrena del Buddha  Amithaba (Opamé in tibetano) e lo nominò Abate del monastero di Tashilumpo.

Dal momento che Lobsang Chöky Gyaltsen era la quarta reincarnazione di un lignaggio iniziato nel 1385 con Khedrup Gelek Pelsang, il titolo di Panchen venne assegnato retrospettivamente anche a tutte le altre reincarnazioni precedenti (Ghyalwa Ensapa, Sonam Choklang e Khedrup Je) e questo è il motivo per cui a volte viene considerato il primo e a volte il quarto Panchen Lama.

Prolifico scrittore e insegnante, compose più di 300 opere, tra cui la Lama Chopa e un trattato sulla meditazione, il De lam, il cui titolo completo significa «il sentiero della beatitudine per coloro che aspirano all'onniscenza».

Quando morì nel 1662 all'età di 93 anni, il Quinto Dalai Lama decise di riconoscere e iniziare la tradizione della reincarnazione dei Panchen Rinpoche e compose una speciale preghiera per «il ritorno» del suo prezioso maestro, ordinando ai monaci dei più grandi monasteri di iniziare a recitarla con costanza e determinazione.